目前，医院有国家教育部重点学科2个（肿瘤学、病理学）、国家临床重点专科3个（肿瘤科、病理科、中西医结合科），卫生部临床重点学科3个（乳腺癌、放射治疗、病理学）、教育部创新团队1个（乳腺癌的基础和临床研究）、上海市临床医学中心3个（肿瘤学、肿瘤放射治疗、乳腺癌）、上海市重中之重临床医学中心1个（上海市恶性肿瘤临床医学中心）、上海市重中之重临床重点学科1个（胸外科）、上海卫生重点学科1个（病理学），同时也是上海市病理质控中心、放射治疗质控中心、肿瘤化疗质控中心和上海市抗癌协会挂靠单位。设有国家食品药品监督管理局认定的国家药物临床试验机构，拥有上海市乳腺肿瘤重点实验室和上海市分子影像探针工程技术研究中心，以及复旦大学肿瘤研究所、复旦大学病理研究所、复旦大学乳腺癌研究所、复旦大学胰腺癌研究所、复旦大学大肠癌诊治中心、复旦大学鼻咽癌诊治中心、复旦大学前列腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学甲状腺肿瘤诊治研究中心、复旦大学附属肿瘤医院肺癌防治中心、复旦大学生物医学影像研究中心、复旦大学附属肿瘤医院恶性黑色素瘤防治中心等科研机构。主办《中国癌症杂志》、《肿瘤影像学》、英文版《Journal of Radiation Oncology》3本学术期刊，以及《抗癌》科普杂志。
医院本着“构建内外关系、服务肿瘤患者、树立医院形象”的发展方向，把握原则，注重实效，不断加强国内合作，提高服务质量，扩大受益人群范围，充分发挥自身优势。2017年，医院积极探索肿瘤预防诊治一体化分级诊疗模式，相继与上海市闵行、宝山、金山等区县卫计委进行全面肿瘤防治医联体建设签约，积极推动区域卫生事业发展，提高区域内肿瘤规范化防治水平和基层医疗服务能力，致力建立基于分级诊疗和慢病管理的肿瘤防治一体化管理模式，为更多的肿瘤患者提供高质量的医疗服务。此外，医院积极拓展国际间“姐妹医院”合作项目。先后与美国德州安德森肿瘤中心（MDACC）、新加坡国立健保集团癌症中心、法国Gustave-Roussy肿瘤中心、日本金沢大学癌症研究所（Cancer Research Institute of Kanazawa University）、意大利肿瘤研究中心、美国杜克大学肿瘤研究所、澳大利亚皮特麦卡勒姆癌症中心、加拿大玛嘉烈公主癌症中心签署协议，缔结为姐妹医院，在医疗、科研、人才培养、患者国际转诊等方面进行深入的合作与交流。至此，我院已与国际上8所高端癌症研究机构和医院缔结了姐妹医院合作关系，为我院的学科建设搭建了优质的国际平台，进一步拓展和加深国际联络并推进我院的国际声望。
